- Голям подковонос – Rhinolophus ferrumequinum
- Малък подковонос – Rhinolophus hipposideros
- Дългоух прилеп – Myotis bechsteinii
- Трицветен нощник – Myotis emarginatus
- Остроух нощник – Myotis blythii
- Голям нощник – Myotis myotis
- Полунощен прилеп – Eptesicus serotinus
- Воден нощник – Myotis daubentonii
- Мустакат нощник – Myotis mystacinus
- Кафяв дългоух прилеп – Plecotus auritus
- Сив дългоух прилеп – Plecotus austriacus
В България се радваме на 33 от срещащите се в Европа 35 вида прилепи. Всички прилепи у нас са строго защитени от Закона за биологичното разнообразие на територията на цялата страна! Шест от срещащите се в района на Ягодинската пещера видове са сред приоритетните за опазване за цяла Европа – големият и малкият подковоноси, както и четири вида нощник: големият, остроухият, дългоухият и трицветният.