Магурата е най-значимата за прилепите пещера в цяла Северозападна България! Освен над 2 000 зимуващи прилепи от няколко вида, тук през зимата е регистрирана и колония от над 450 малки подковоноса – рекорден брой за страната! На горния етаж над Концертна зала (недостъпен без използване на спелео-техники) се намира хоризонтална, суха галерия, където се размножават големи летни колонии от няколко вида.
Магурата се обитава от общо 8 вида през различните сезони, всички приоритетни за опазване за цяла Европа:
- Голям подковонос – Rhinolophus ferrumequinum
- Малък подковонос – Rhinolophus hipposideros
- Южен подковонос – Rhinolophus euryale
- Голям нощник – Myotis myotis
- Остроух нощник – Myotis blythii
- Трицветен нощник – Myotis emarginatus
- Дългоух/Бехщайнов нощник – Myotis bechsteinii
- Дългопръст нощник – Myotis capaccinii
В България се радваме на 33 от срещащите се в Европа 35 вида прилепи. Всички те са строго защитени от Закона за биологичното разнообразие. Срещащите се в пещерата дългопръст нощник и южен подковонос са включени и в Световния червен списък на застрашените видове!
