Деветашката пещера е едно от трите най-важни убежища за хибернация на прилепи в Европа! Тук зимува колония от над 35 000 екземпляра от видовете пещерен дългокрил, дългопръст нощник, голям подковонос и ръждив вечерник.
В България се радваме на 33 от срещащите се в Европа 35 вида прилепи, а целогодишно пещерата се обитава от общо 15 вида:
- Голям подковонос - Rhinolophus ferrumequinum
- Малък подковонос - Rhinolophus hipposideros
- Южен подковонос - Rhinolophus euryale
- Подковонос на Мехели - Rhinolophus mehelyi
- Пещерен дългокрил – Miniopterus schreibersii
- Дългопръст нощник - Myotis capaccinii
- Трицветен нощник – Myotis emarginatus
- Голям нощник – Myotis myotis
- Остроух нощник – Myotis blythii
- Нощник на Натерер – Myotis nattereri
- Мустакат нощник – Myotis mystacinus
- Воден нощник - Myotis daubentonii
- Ръждив вечерник – Nyctalus noctula
- Савиево прилепче – Hypsugo savii
- Полунощен прилеп – Eptesicus serotinus
Всички прилепи у нас са защитени от Закона за биологичното разнообразие на територията на цялата страна, като 4 от срещащите се в Деветашката пещера видове са включени в Световния червен списък на застрашените видове: пещерният дългокрил, дългопръстият нощник, южният подковонос и подковоносът на Мехели.
